L'abitato ha un'origine molto antica: il nome farebbe pensare ad un "Mikauria" bizantino che, per successive trasformazioni, diede origine all'attuale nome di Nicola; il toponimo deriverebbe da "mica aurea", cioé una miniera d'oro, ascrivibile ad una vena di calcopirite aurifera, scoperta dagli abitanti dell'antica Luni a nord del paese, ma ben presto esauritasi; la piccola cava è ancora visibile sotto il cimitero del paese.
Inizialmente, come Ortonovo, Nicola era una villa della corte di Iliolo, sottoposto a giurisdizione vescovile: già nel 1137 Nicola ebbe i propri Statuti; fu dapprima dominio di Lucca e poi di Pisa; si succedettero poi gli Scaligeri, i Rossi di Parma, gli Spinola di Genova e i Visconti di Milano, saldamente attestati in Lunigiana fino agli inizi del Quattrocento; nel 1406, Nicola si diede in accomandigia al Comune di Firenze, ottenendone in cambio nuovi e più completi Statuti.
Pochi anni dopo, gli uomini di Nicola si opposero tenacemente all'assalto delle truppe guidate dal Piccinino, le quali, penetrate nel borgo, si abbandonarono al saccheggio ed alla distruzione; infine, ne cancellarono le mura di cinta e ne incendiarono le case per scoraggiare ribellioni da parte di altri borghi.

I Nicolesi ricorsero subito ai protettori fiorentini, i quali finanziarono i lavori di ripristino e rafforzamento delle mura cittadine, ancora oggi ben visibili a tratti (per es. nella cosiddetta Piazzetta dell'acacia). Sul finire del Quattrocento, dopo alterne vicende, Nicola insieme ad Ortonovo, Castelnuovo e Falcinello, fu ceduto al Banco di S. Giorgio, in cambio di tremila scudi d'oro e, successivamente passò sotto dominio della Repubblica di Genova; alcune famiglie genovesi (commercianti, notai, amministratori del Banco) si stabilirono allora a Nicola, imponendosi ai vertici della vita amministrativa e accumulando ampie proprietà fondiarie. Durante gli oltre due secoli di sottomissione alla Repubblica, il borgo fu perennemente alle prese con i problemi legati alla salvaguardia del proprio territorio, alla tutela dei ceti meno abbienti, alla difesa delle sue prerogative, specialmente contro Sarzana ed Ortonovo.
Nel 1797, in seguito all'entrata in Genova delle truppe napoleoniche, anche Nicola divenne parte della Repubblica Ligure appena costituita, mentre nel 1806, a causa delle riforme volute da Napoleone per una migliore suddivisione dell'Impero, veniva istituito il Comune di Ortonovo, di cui Nicola diveniva una semplice frazione.